Una de las principales formas de empleo de la fuerza de trabajo de los indígenas americanos por parte de los españoles fue la que se conoce como encomienda. Era una institución que establecía que un castellano, conocido como encomendero, tenía a su disposición un pueblo de indios con sus caciques para que le pagasen tributos y le sirvieran. La figura del cacique o personaje principal de los poblados era muy importante porque solía ser el intermediario entre el encomendero y los indios, especialmente en la cuestión de los tributos.
Fue la institución más difundida en toda América y muy pocos indios se libraron de la misma. La encomienda fue un instrumento muy eficaz para consolidar el dominio del territorio porque encuadraba y organizaba a la población indígena como mano de obra forzada. Por otro lado, la encomienda fue un medio empleado por la Corona para recompensar a los que habían prestado servicios importantes, y contribuido a la conquista y, además, para fijar a la población europea en el continente.
Las prestaciones establecidas en la encomienda eran de dos tipos: el tributo y el servicio personal, como hemos señalado. El tributo se destinaba al mantenimiento del encomendero y su familia, además de proporcionarle productos que podía vender, ya que solían ser en especie (metales, ropa, animales, maíz, trigo, etc..).
La obligación del servicio personal permitía al encomendero emplear a los indios en el servicio doméstico de su casa y en un sinfín de tareas de ayuda, en las labores agrícolas y ganaderas, y hasta en las de tipo artesanal, especialmente en la rama textil, aunque se sabe que hubo también indios encomendados que contribuyeron a la construcción de barcos y otros fueron empleados en ingenios de azúcar.
Otra de las tareas era la del transporte, algo vital pero problemático, habida cuenta de las distancias y lo complicado del terreno, sin casi caminos y con carencia de animales de carga, especialmente en las primeras épocas de la colonización. Muchos encomenderos empleaban a sus indios para el transporte propio o para alquilarlos a viajeros, comerciantes y grandes productores que necesitaban de sus servicios. Este empleo del trabajo humano tenía unas evidentes consecuencias en la salud de los indígenas y fue algo que preocupó mucho a las autoridades, que intentaron limitarlo lo más posible, hasta que lo prohibieron, pero la demanda de transporte fue más fuerte que las sanciones, y se siguieron empleando seres humanos para esta tarea.
En territorios dependientes directamente de la Corona también hubo encomiendas, que eran administradas por los corregidores y oficiales del rey. Los indios encomendados pagaban sus tributos y trabajaban en las obras públicas, en la construcción de edificios públicos como cabildos, cárceles, audiencias, catedrales e iglesias. También ejercieron tareas de servicio doméstico para las autoridades aunque estaba terminante prohibido.
Por fin, había, aunque en menor número, encomiendas vinculadas a la Iglesia y a instituciones de caridad, como hospitales, hospicios, inclusas, etc..
Las obligaciones de los indios encomendados no terminaban con el tributo y el servicio. También sostenían al clero secular y, sobre todo al regular, que se dedicaba a adoctrinarles en la fe católica en los grupos denominados “Doctrinas”. Los indígenas debían aportar bienes y servicios, pero también lo hacían a través de los encomenderos, que al estar obligados a levantar y mantener las iglesias de sus encomiendas, empleaban a los indios.
La cuantía del tributo y los límites del servicio tardaron en ser regulados por las autoridades, por lo que quedaron al arbitrio de cada encomendero, dándose todo tipo de situaciones.
La institución de la encomienda condujo a no pocos abusos, ya que en muchos casos encubría una esclavitud que legalmente estaba prohibida. Pero muy pronto se alzaron voces que denunciaron estos abusos. Entre los más activos críticos de la encomienda estuvieron Fray Montesinos y Fray Bartolomé de las Casas, que pudo llegar hasta el trono.
En el año 1512, tras las denuncias de Montesinos sobre las primeras encomiendas, se promulgaron las Leyes de Burgos, que intentaron regular la institución y establecieron garantías para los indios, ordenando que debían recibir un trato justo, una retribución equitativa y que el encomendero tenía que cumplir la obligación de evangelizarlos. En los años sucesivos hubo que regular más y nuevas situaciones de explotación.
En 1527 se estableció la supervisión religiosa para la creación de nuevas encomiendas. Los religiosos debían determinar si a un grupo concreto de indios les beneficiaría entrar en una encomienda o no.
El más importante cambio de la situación jurídica de los indios llegó con las Leyes Nuevas de 1542. Los indios pasaron a ser plenamente súbditos de la Corona. Esta decisión provocó que se ordenara que no se creasen nuevas encomiendas y que las existentes se extinguiesen con el fallecimiento del encomendero. Quedaban suprimidas las encomiendas vinculadas a la Corona y la Iglesia. Se limitaron y disminuyeron los tributos que debían pagar los indios. Quedó prohibida cualquier tipo de esclavitud. Tampoco se podían imponer trabajos forzosos a los indios. El emperador se implicó en estos cambios y ordenó a los virreyes una especial atención para que se cumpliese la nueva legislación. El choque entre los intereses de los encomenderos y el celo de las autoridades provocó fuertes conflictos, hasta una guerra en Perú.
Aún así, en algunos lugares las encomiendas continuaron en el siguiente siglo, aunque con el tiempo fueron entrando en decadencia y fueron abolidas definitivamente en el siglo XVIII.