La Guerra de las Naranjas debe enmarcarse en el contexto de las relaciones internacionales de principios del siglo XIX de enfrentamientos entre Francia, Inglaterra y España. La Francia del Directorio había firmado con España el Tratado de San Ildefonso en 1796, que comprometía a ambos países a ayudarse mutuamente frente a Gran Bretaña. Ya quedaba atrás la Guerra de la Convención. En el comienzo de la nueva centuria Napoleón sabía que su combate contra Inglaterra pasaba por controlar Portugal porque era el principal aliado europeo de Londres, además de contar con una poderosa flota si quería que no se le escapase el control del Mediterráneo occidental. Por eso apeló al Tratado de San Ildefonso frente a España. Así pues, Madrid decidió ayudar en este esfuerzo de frenar la influencia inglesa en el país vecino. Esa fue la razón por la que se enviaran sendas cartas al príncipe regente de Portugal, Juan, y a su esposa la infanta Carlota Joaquina, hija de Carlos IV, en este sentido, con ciertas amenazas implícitas. Pero esta gestión diplomática no podía salir bien. Francia presionó a España y se declaró la guerra a Portugal el 28 de febrero de 1801.
La invasión del país no se produjo hasta el 19 de mayo. Mientras tanto se produjo una cierta tensión entre Madrid y París. Godoy quería llevar la iniciativa frente a Napoleón, que pretendía que las tropas franco-españolas estuvieran comandadas por un general francés, Saint-Cyr. Por su parte, los portugueses tenían serias dificultades derivadas tanto de la debilidad de su ejército como del hecho de que los ingleses no parecían dispuestos a intervenir en su favor.
Las tropas españolas avanzaron hacia Portugal por tres zonas. El marqués de San Simón comandaba la fuerza que se situó ante el Miño. Por su parte, Iturriagaray se situó en el Algarve, y frente al Alentejo estaba el grueso del ejército con Godoy al mando. Los franceses tenían que ocupar la margen derecha del Tajo, pero a finales de abril todavía no habían cruzado la frontera con España. Así pues, entre el 19 y el 20 de mayo los españoles entraron en Portugal por Olivenza, que se rindió, aunque Yelves resistió porque contaba con artillería. Allí se produjo el hecho que dio el nombre a esta breve guerra, porque las tropas españolas entraron en los jardines de sus fosos y cortaron un ramo de naranjas que ofrecieron a Godoy, y que éste remitió a la reina como trofeo de la victoria.
Las tropas portuguesas no se esforzaron mucho en la lucha. El general Laofens llegó a confesar que era complicado luchar contra franceses y españoles porque su objetivo era frenar la influencia británica en Lisboa. Lo que está claro es que los portugueses se fueron retirando, aunque no para rendirse, ya que preparaban un ataque para el 30 de mayo. Godoy fue más diestro y se adelantó, venciéndoles en Arroches el día anterior provocando una desbandada general. La suerte de la guerra estaba clara a los pocos días de haberse producido la invasión.
El conflicto proporcionó a España la ocupación de Olivenza, localidad que desde entonces pertenece a nuestro país. Francia obtuvo la mitad del territorio de la Guayana. Tampoco eran pérdidas terribles para Portugal, pero Napoleón tenía sus propios intereses y objetivos no declarados, relativos a la ocupación de tres provincias portuguesas, aspecto que el acuerdo hispano-portugués no contemplaba. Al parecer, hubo un retraso del correo que llevaba las órdenes del emperador por un accidente, por lo que llegaron el día 7 de junio y el acuerdo se firmaría el día 8 pero Godoy, que no estaba dispuesto a seguir los dictados de Napoleón, hizo que el tratado se fechara el día 6, para dejar claro que las órdenes habían llegado tarde. Este hecho provocó la ira de Napoleón que pensó en anular el acuerdo, pero Madrid se mantuvo firme.