Julián Zugazagoitia nació el 5 de febrero de 1899 en Bilbao. Su padre, Fermín Zugazagoitia Aranguren, fue un destacado socialista del importante núcleo vizcaíno del PSOE, ya que fue director de la Cooperativa Socialista de la Casa del Pueblo de Bilbao y concejal de la capital vasca entre 1905 y 1909. Su hijo, por lo tanto, vivió el socialismo desde muy pequeño. Así pues, en 1914, siendo un adolescente, ingresó en las Juventudes Socialistas, que años antes había fundado Tomás Meabe. Además, pasó a trabajar en la Cooperativa que dirigía su padre. Cuando éste falleció, pasó a ser tenedor de libros y contable en una empresa. No había cumplido los dieciocho años cuando participó en la Huelga General de 1917, hecho que le ocasionaría una estancia en la Cárcel de Larrinaga. Pero Zugazagoitia no aminoró su compromiso, todo lo contrario. En 1920 fue elegido presidente de las Juventudes Socialistas de Bilbao y en ese momento comenzó una de sus vocaciones más acusadas, la de periodista. Pasó a colaborar en El liberal, el diario tan vinculado a Indalecio Prieto, con el que siempre tuvo mucha afinidad personal. También fue un colaborador asiduo de La Lucha de Clases, un semanario socialista fundamental del socialismo vasco y español, y que pasaría a dirigir en 1921. Dos años después, en 1923, ganó por oposición un empleo municipal. En agosto de ese mismo año fue procesado por un artículo en el semanario y condenado a una pena de destierro. Pasó a Madrid donde ingresaría en la Agrupación Socialista en julio de 1924. No estuvo inactivo en la capital, ya que, gracias a Andrés Saborit pasó a trabajar en El Socialista.
Zugazagoitia decidió muy pronto acercarse a Bilbao mientras cumplía su condena de destierro. Así pues, pasó a residir en Santoña. Allí encontró trabajo en la Compañía Exportadora de Conservas de Pescado y se implicó en el movimiento obrero local. En este sentido, fue elegido secretario de la Federación de Fabricantes de Conservas de la UGT. Pero no se conformó con trabajar y luchar por mejorar las condiciones laborales y salariales de los conserveros de Santoña. Sacó tiempo para escribir libros, otra de sus vocaciones. En esta localidad escribió una trilogía de biografías noveladas. La primera estaba dedicada a Pablo Iglesias, en el año de su fallecimiento, y titulada Una vida heroica, aunque también publicaría años después otra biografía del fundador del PSOE y la UGT, titulada Pablo Iglesias: Vida y trabajo de un obrero socialista, y que podemos consultar en edición facsímil. La segunda era otro homenaje. En este caso, el protagonista era Tomás Meabe (Una vida humilde), también de 1925, y con el que le unió una estrecha amistad, llegando a prologar una de sus obras. Dos años después saldría una especie de autobiografía, titulada Una vida anónima. Siguió colaborando en la prensa desde la distancia, ya que escribió en la sección “Temas del Mar” en El Liberal, unas veces con su firma, y otras con el pseudónimo “Fermín Mendieta”. En enero de 1927 dirigió Cuadernos de Trabajo Socialista, aunque solamente salieron cinco números.
Por fin, en 1929 pudo regresar a Bilbao, trabajando intensamente porque escribió una trilogía sobre la huelga y la vida socialista, titulada El Botín (1929). Al año siguiente publicó El Asalto. Para algunos críticos parte de su obra puede ser considerada como precursora de la novela social posterior. En junio de 1930, el escritor José Díaz Fernández publicó un artículo en el diario El Sol a propósito de la última obra citada en el que aludía a que el autor mezclaba realidad y ficción, siendo pionero de este género en España, y que podía servir para divulgar más la literatura de signo obrerista. También hay que destacar en esta época su Pedernales. Itinerario sentimental de una colonia escolar de 1929, un libro dedicado a la infancia pobre, con dibujos de Ricardo Arrue. Julián Zugazagoitia fue, además, un gran conocedor de la literatura de su época, pudiendo ser considerado casi un especialista en la rusa.
Julián Zugazagoitica fue elegido concejal de Bilbao, emulando a su padre, en las decisivas elecciones municipales de abril de 1931. En los comicios para formar las Cortes Constituyentes se presentó por la provincia de Vizcaya. Al final, salió elegido en segunda vuelta en julio. En el Congreso formó parte de la Comisión de Marina.
En abril de 1932 pasó a dirigir El Socialista de forma interina, aunque en el XIII Congreso del PSOE fue confirmado oficialmente en el empleo. El Partido le presentó como candidato por Vizcaya-capital en las elecciones del otoño de 1933 pero no salió elegido.
Zugazagoitia tuvo un papel destacado en la Revolución de octubre de 1934. Por ese motivo ingresó en prisión, cumpliendo condena en la Modelo madrileña. En la cárcel escribió una de sus principales obras, Trabajos clandestinos, en el propio 1934. Esta obra ha permanecido inédita hasta el año 2005, cuando fue publicada con prólogo de José María Villarías Zugazagoitia. En las elecciones de febrero de 1936 sí conseguiría salir diputado por Vizcaya-capital.
Al estallar la guerra, Zugazagoitia siguió al frente del órgano oficial del Partido, y desempeñó durante unos meses, hasta finales de 1936, el cargo de vicepresidente de la Asociación de la Prensa de Madrid. Negrín le nombró ministro de Gobernación en el mes de mayo de 1937. Permaneció en esta responsabilidad hasta abril del año siguiente, para pasar a ser Secretario General del Ministerio de Defensa, cargo en el que estuvo hasta el final de la Guerra Civil. Desde octubre de 1938 formaría parte de la Diputación Permanente de las Cortes.
Zugazagoitia escribió un libro fundamental sobre la Guerra Civil, titulado Guerra y Vicisitudes de los Españoles, que podemos leer en una edición moderna a cargo de Santos Juliá y José María Villarías Zugazagoitia, publicado por Tusquets en su colección Tiempo de Memoria, en el año 2001. Fue escrito nada más terminar la guerra. Entre las muchas cuestiones que trata, siempre con una extremada lucidez, destacaría su visión de sus compañeros socialistas que tuvieron altas responsabilidades, especialmente Indalecio Prieto y Juan Negrín.
Nuestro protagonista consiguió salir de España y exiliarse en Francia. Pasó a residir en París y allí continuó con su labor periodística. Dirigió la revista Norte y colaboró en La Vanguardia, diario de Buenos Aires, donde comenzó a publicar sus escritos sobre la guerra civil. En Norte publicó su libro Madrid. Carranza 20.
Pero la derrota francesa ante los alemanes tendría terribles consecuencias para Zugazagoitia, como para tantos exiliados españoles que quedaron atrapados en Francia. La Gestapo le detuvo el día 27 de julio de 1940. Fue enviado a la cárcel de La Santé. Allí demostró una gran valentía al enfrentarse verbalmente a los nazis en los interrogatorios. En su detención tuvo mucho que ver el temible Pedro Urraca, el policía franquista que montó una red de agentes para buscar y detener a políticos republicanos.
Zugazagoitia fue entregado a la policía española el 31 de julio de 1940 junto con Lluís Companys, Joan Peiró y Francisco Cruz Salido. Fue trasladado a Madrid, permaneciendo en la Dirección General de Seguridad y en la cárcel de Porlier.
En octubre de 1940 fue sometido a un Consejo de Guerra, que le condenó a la pena de muerte, junto con Francisco Cruz Salido, Teodomiro Menéndez, Cipriano Rivas-Cherif, Miguel Salvador y Carlos Montilla. Todos menos Zugazagoitia y Cruz Salido consiguieron la conmutación de la pena. El día 9 de noviembre de 1940, en las tapias del Cementerio de La Almudena, Zugazagoitia y Cruz Salido fueron fusilados. El delito era el de rebelión.