El sistema político de la Restauración supuso el regreso a la confesionalidad del Estado español y potenció el poder de la Iglesia en todos los ámbitos, especialmente en la educación, aunque también hubo algunos aspectos más tolerantes en relación con el reconocimiento de las minorías religiosas.
La Constitución de 1876 consagró la vuelta al Estado confesional. La religión católica, apostólica y romana sería la del Estado, y la nación se obligaba a mantener el culto y sus ministros, como expresaba el artículo 11. En compensación, nadie sería molestado en España por sus opiniones religiosas, ni por el ejercicio de su culto respectivo. Pero esta aparente tolerancia era muy limitada, ya que los otros cultos no podrían ir contra los principios de la moral cristiana y no podrían desarrollarse en público. Este artículo desencadenó una intensa polémica. La Iglesia Católica pretendía regresar a la situación de la época isabelina sin tolerancia alguna hacia otras confesiones. En esto, como en varias cuestiones, Cánovas, aunque profundamente conservador, intentó poner en práctica un cierto equilibrio entre los principios del liberalismo moderado del reinado de Isabel II y las conquistas del liberalismo más progresista y democrático del Sexenio. En este sentido, al menos, se terminó con las dificultades que la minoría protestante española había sufrido durante el pasado, y que habían generado tensiones en la política exterior española, especialmente con Inglaterra.
En el último cuarto del siglo XIX, el clero regular experimentó una clara recuperación, después de lo que había sufrido en el proceso de la revolución liberal. Bien es cierto, que dicha recuperación comenzó cuando los moderados monopolizaron el gobierno con Isabel II, pero se había paralizado en el Sexenio. Ahora, las órdenes religiosas vivieron una época de expansión, potenciada además por la llegada de religiosos de las órdenes disueltas por la III República francesa. Se abrieron muchos centros educativos, de beneficencia, noviciados y conventos por toda España, potenciando como reacción, un recrudecimiento del secular anticlericalismo político, intelectual y popular.
En el ámbito educativo se produjo un conflicto que tuvo unas repercusiones insospechadas a favor de la renovación pedagógica en España. El ministro de Fomento, Manuel de Orovio, dio un famoso Decreto el 26 de febrero de 1875 que suspendía la libertad de cátedra ganada en el Sexenio Democrático, ya que los profesores no podrían ejercer si no acataban los principios religiosos católicos y de obediencia a la monarquía. Una serie de catedráticos de Universidad fueron separados de sus plazas, entre los que destacaron Francisco Giner de los Ríos, Gumersindo de Azcárate, Nicolás Salmerón, entre otros. En ellos estaría el origen de la Institución Libre de Enseñanza en el año 1876.