La nueva dinastía borbónica impuso un cambio importante respecto a América en lo político-administrativo y en lo económico. En relación con los cambios políticos y administrativos se pueden diferenciar los realizados en la metrópoli y los que se establecieron en América. El Consejo de Indias perdió competencias a favor de las Secretarías de Estado de las Indias. El Consejo conservó funciones judiciales y de asesoramiento. Lo mismo ocurrió con la Casa de Contratación. Terminó por desaparecer en 1790, al suprimirse el monopolio comercial de un solo puerto con América.
A los virreinatos existentes de Nueva España y Perú se añadieron dos segregados del de Perú. En primer lugar, se creó el de Nueva Granada al norte, con capital en Santa Fe de Bogotá y con jurisdicción sobre los territorios actuales de Venezuela, Colombia, Panamá y Ecuador. También se estableció el de Río de la Plata con capital en Buenos Aires y con jurisdicción en territorios de las actuales repúblicas de Bolivia, Paraguay, Uruguay, Argentina y Chile.
Además de esta reorganización virreinal hubo otras novedades en la administración americana, con el objetivo de controlar con más eficacia las colonias americanas para conseguir un mayor rendimiento económico y fiscal. Así pues, se creó un ejército regular americano en la segunda mitad del siglo. En 1764 se establecieron las intendencias con las mismas atribuciones que las peninsulares, sustituyendo a las gobernaciones y corregimientos.
La política comercial con América se convirtió en una de las actividades que atrajo más interés en el siglo XVIII. Los Borbones pretendían que América fuera una fuente de ingresos, pero no como provisión de metales preciosos como en la época de los Austrias, sino como un territorio sometido a una explotación económica de tipo colonial según el modelo de exportación de materias primas hacia la metrópoli e importadora de productos peninsulares. Se dieron varias medidas durante toda la centuria. En primer lugar, se estableció el sistema de Compañías comerciales privilegiadas y monopolísticas, como la Guipuzcoana de Caracas de 1728, según los modelos inglés y holandés. La Compañía traía productos coloniales (cacao, tabaco) y enviaba a América productos siderúrgicos vascos. Posteriormente, se optó por terminar con el monopolio gaditano (Cádiz había sustituido a Sevilla a principios de siglo por saturación del Guadalquivir). Esta política establecía la liberalización del comercio con América. Se suprimió el sistema de flotas y galeones por el de registros en 1735. Los particulares cargaban sus mercancías en barcos autorizados -registros- que partían en el momento que desearan sus propietarios, una vez registrada en la mercancía en Cádiz pero se vio que era una medida insuficiente. En 1765 y 1778 se terminó por autorizar el libre comercio directo de los puertos peninsulares con los americanos. En consecuencia, decayeron las compañías monopolísticas y privilegiadas, pero se esta política estimuló la industria y el comercio, especialmente en Cataluña.
En conclusión, el comercio con América aumentó notablemente, pero el Nuevo Mundo era un mercado excesivo para la escasa capacidad productiva de la industria española. En consecuencia, además de la brecha en el monopolio español con el establecimiento del navío de permiso británico, a partir de Utrecht, el contrabando aumentó de forma sustancial.