Las necesidades financieras de la monarquía producidas por la Guerra de los Treinta años obligaron a aplazar las reformas planteadas por Olivares y recurrir a medidas de urgencia que, terminaron por agravar la crisis social y económica de Castilla: nuevos impuestos, ventas de cargos públicos, venta de tierras de realengo para ser señoríos jurisdiccionales, etc. Esta situación provocó un intenso descontento social y generaron una clara oposición a Olivares desde varios frentes: los reinos de la Corona de Aragón rechazaron sus pretensiones unitarias y centralista, los miembros de la alta nobleza se quejaban del escaso protagonismo que tenían debido al autoritarismo del valido y, por fin, los grupos populares sufrían la crisis económica y la presión fiscal.
Estallaron conflictos y protestas en Vizcaya (1632), Andalucía (1641 y entre 1647 y 1652) y en Sicilia (1647). Pero el momento crítico se dio en 1640 cuando se produjeron las rebeliones de Cataluña y Portugal. La impopularidad del valido aumentó, y en 1643 el rey le apartó del poder, pero su caída no consiguió traer la paz social ni frenar los conflictos.
La causa inmediata de la rebelión catalana tuvo que ver con los desmanes cometidos en la población por los soldados castellanos e italianos destinados en Cataluña por la guerra con Francia. Se dieron enfrentamientos entre campesinos y soldados en distintos lugares. La rebelión se extendió por Barcelona el día del Corpus Christi; es el conocido como Corpus de Sangre cuando se asesinó al virrey. Al participar en la revuelta los segadores que acudían a la ciudad para ser contratados en campos cercanos se le conoce, también a la rebelión como la Guerra dels Segadors.
La rebelión era, en realidad, una revuelta anticentralista. Los catalanes decidieron entregarse al rey francés al que nombraron conde de Barcelona. Pero la crisis económica, la peste y la opresión francesa, peor que la castellana, ocasionaron el agotamiento de la rebelión.
Los rebeldes se rindieron a Juan José de Austria en 1652 con la condición de que se respetaran sus fueros.
Algunos sectores portugueses comenzaron a ver más inconvenientes que ventajas en la incorporación de Portugal a la Monarquía Hispánica que no garantizaba ya la defensa de su imperio colonial y había atraído nuevos enemigos como los holandeses. La rebelión nació con un fuerte carácter nobiliar anticastellano e independentista. Se proclamó al duque de Braganza como rey con el nombre de Juan IV.
La rebelión sorprendió a Felipe IV y a Olivares que decidieron concentrarse en Cataluña pensando que sería más fácil recuperar Portugal por su aislamiento geográfico. Pero Portugal consiguió la ayuda inglesa y la francesa, terminando por reconocerse su independencia en 1668.